离子液体作为一个诞生刚过百年的新生物，其自然还拥有很多缺点。新世纪之前，离子液体的缺点主要如下：
爆炸
1914年，当离子液体硝基乙胺被发明的时候，其不稳定性可与炸药相比，稍不注意就会发生爆炸。该离子液体的性质跟今天的离子液体已经完全不同，现在人们使用的离子液体都是及其稳定的，即使用火燃烧也不会点着。
腐蚀
1915年年发明的离子液体溴化正乙基吡咤和氯化铝的混合物非常容易分解，只要遇到水就会释放处有腐蚀性的氯化物，从而伤害环境和人体。当离子液体的阴离子含有氯的时候，遇到水一般具有不稳定性。
怕水
1982年发明的氯化1-甲基-3-乙基咪唑的弱点是非常怕水，所以只能在惰性气体甚至真空中处理，研究和使用.当离子液体的阴离子含有氯的时候，常常会具有吸水性。
黏度高：
一种粘度很高的离子液体
20世纪90年代，离子液体曾被用作太阳能电池的电解液，但是黏度太高。后来科学家发现加入少量的有机溶剂可以克服这个缺点。
价格高
但是2000年后，随着科学家不断的深入研究，离子液体的物理化学性质都变得可调，物理性质如：流动性、传导能力、液态范围。化学性质如：polarity、酸性、手性、配位能力、化学稳定性、溶解性等都可以根据需要作出调整。
如果说现在离子液体还有什么缺点，那不完美之处就是价格[1]。
离子液体作为新生事物，自然需要科学家投入大量的人力，物力成本进行科研。大量的投入，同时市场还没有大量的应用的今天，必然导致了离子液体的价格相对于普通试剂高出了许多。所以价格高是今天的离子液体的缺点。
总结，虽然随着科学的发展，离子液体具有可设计性，但是我们还必须认识到，到目前为止还没有一种离子液体拥有所有的完美的物理化学生物性质。不过随着化学家的努力，我们相信，完美的离子液体必将能被发现。这样的离子液体同时拥有多项优良物理化学性质，并且性质能随着温度，离子浓度，湿度等发生所需的改变。
离子液体缺点图册
参考资料：
1.环境友好的复合离子液体催化碳四烷基化新技术（CILA）取得重大突破 网易财经 [引用日期2015-04-18]